Cuenta con un clima cálido subhúmedo y una temperatura media anual de 27 °C con cielo despejado o con nubes dispersas, humedad relativa de 84 % y con vientos de 18 km/h; siendo la temporada de lluvias de mayo a noviembre. La bahía del puerto era conocida en un principio como la "Bahía de la Mujer Oculta", y más tarde como la "Bahía de la Escondida" A principios del siglo XX, Puerto Escondido era conocido como Punta Escondida. En ese entonces era solo un pequeño pueblo de pescadores cuyo puerto se utilizaba para la exportación de café.No hubo un pueblo propiamente sino hasta la década de 1930, cuando la actividad de Puerto Escondido se estableció sólidamente como puerto comercial, toda esta actividad comercial se dio gracias al señor Guillermo Rojas Mijangos. La ciudad de Puerto Escondido está dividida entre dos municipios, por lo que políticamente se trata de dos entidades separadas.